Aux débuts de la colonisation, le blé est abondamment cultivé et récolté. Cette ressource est ensuite vendue à des résidants de Yamachiche et des États-Unis. En 1866, on dénombre un seul marchand ainsi qu’un seul moulin à scier le bois et à moudre le grain. Ce moulin, propriété d’Olivier Salois, se trouve du côté sud-ouest de la Rivière-aux-Vaches. Ensuite, ce moulin est déménagé au côté nord-est de la rivière avant qu’il ne brûle en 1915. On a reconstruit le moulin avec « la partie principale de l’ancienne église désaffectée ». Après plusieurs changements de propriétaires et l’incendie de 1942, l’industrie ferme ses portes. Le dernier propriétaire, Wilfrid Desmarais, a vendu sa maison et le moulin à Meunerie Labonté Inc. maintenant connue sous le nom de Labonté-Belhumeur Inc..
Dorilla Desmarais, propriétaire du moulin à scie du 2e rang, et le notaire Gladu de Saint-François-du-Lac ont exploité les forêts de la municipalité de Saint-Bonaventure dans les 5e et 6e rangs. Le transport des billots, vers l’entreprise de Dorilla Desmarais ou du notaire Gladu à Saint-François-du-Lac, s’effectue grâce à la drave sur la Rivière-aux-Vaches. On peut trouver un moulin à carde, un magasin et des maisons près du moulin à scie du 2e rang. Quelques années plus tard, ces maisons et ce moulin sont déménagés au village, qui abrite également le moulin à scie de M. Cyr. L’économie primitive est donc marquée par l’industrie de sciage du bois.
La fin du 19e et le début du 20e siècle voient l’arrivée d’une ère de prospérité économique pour la municipalité de Saint-Bonaventure. Toutefois, l’économie est freinée par les dépenses faramineuses investies dans la construction de la nouvelle église et dans le déplacement du cimetière. La crise économique est également venue amplifier ces nouvelles difficultés financières. En outre, un certain M. Tourini a soutiré des sommes importantes d’argent à des résidants de la municipalité en prétendant que la tourbière serait riche en gaz naturel. Il a même fait construire un bâtiment où est inscrit Peat Gas Co. qui devait servir à l’exploitation du puits. Cependant, une fois l’argent amassé, M. Tourini a pris la fuite. Les résidants de Saint-Bonaventure ont dû se rabattre sur d’autres sources de revenus.
Le développement de l’industrie laitière a permis l’implantation de fabriques de fromage dans chacun des rangs de la municipalité à une certaine époque. Au village, Ernest Lemaire possède une beurrerie et une fromagerie. Cette entreprise est vendue à Ernest Frappier vers 1921. La production a beaucoup augmenté et Ernest Frappier a dû ériger deux nouvelles bâtisses pour soutenir la production de lait en poudre en 1946. L’entreprise emploie alors 28 personnes et le travail s’effectue de jour comme de nuit pour transformer les 280 milles livres de lait qui arrivent quotidiennement.
L’agriculture a toujours occupé une part considérable de l’économie de la municipalité. En fait, 50% du territoire est consacré aux fins agricoles. Même si l’industrie laitière est dominante, on retrouve aussi des fermes bovines et avicoles. La famille Lemaire s’est beaucoup consacrée à la culture de fraises et de concombres destinés à la compagnie d’aliments Habitant. Ernest Lemaire a même pris possession du centre local de Catelli Habitant où il recevait la production de concombres des municipalités avoisinantes.
Depuis 1940, l’exploitation de la tourbière par la compagnie Fafard et Frères Ltée, est venue donner un nouveau souffle à l’économie puisqu’elle représente la principale activité économique après l’industrie laitière. En plus d’embaucher 143 personnes en 2009,cettecompagnie exporte ses produits aux États-Unis, en Europe et au Japon.